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Lutz, mittlerweile sehr angesehen in seiner Gemeinde und darüber hinaus, bekam ab 1830 Probleme mit der Amtskirche: Lutz mehrfach wegen "mystizistischer Abweichungen" von der Lehre der katholischen Kirche vor das Augsburger Ordinariat geladen. Im Vorfeld hierzu hatte er die Schriften von Martin Boos studiert. Wahre Ursache waren jedoch die Vorfälle, welche sich ab 1828 in seiner Pfarrei ereignet hatten.  ''(zu den Ereignissen in Karlshuld siehe: Artikel [[Karlshuld]])'' Ab diesem Zeitraum traten [[Weissagungen]] durch Gemeindemitglieder vor - und Lutz lies diese nach anfänglichem zögern zu und untersagte diese nicht. Auch teilte er diese Vorfälle seinem Bischof mit, der ihm auch dazu riet, diese zuzulassen, da man nicht wisse, ob sie nicht wirklich von Gott kommen. Jedoch wurde Lutz Verhältnis zur Amtskirche immer angespannter. Nachdem die Probleme mit dem bischöflichen Ordinariat in Augsburg immer mehr zunahmen, trat er 1831 mit einem Teil Großteil seiner Gemeinde (rund 700 Gemeindemitglieder) aus der römisch-katholischen Kirche aus - was für die damalige Zeit einen Skandal darstellte. Einige Quellen behaupten,er hätte daraufhin versucht eine apostolische Gemeinde zu gründen - dieser Aussage muss jedoch widersprochen werden, da Lutz erst 1842 mit der katholisch-apostolischen Bewegung in Kontakt kam. Es ist vielmehr davon auszugehen, dass Lutz eine Art "freie Gemeinde" etablieren wollte. Dies wurde von der bayrischen Landesregierung verboten, daher trat er im Februar 1832 zum evangelischen Glauben über. Als er auch in dieser Glaubensgemeinschaft seine Vorstellungen nicht verwirklichen konnte, wurde er nach Ablegung des tridentinischen Glaubensbekenntnisses am 16. November 1832 wieder in die Katholische Kirche aufgenommen. 1834 wurde Lutz dann aus Karlshuld versetzt und Pfarrer in Tafertshofen im Kapitel Oberroth.