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Das ihm zugewiesene Haus war schon so tief im moorigen Untergrund versunken, dass Lutz den Fußboden etwa dreißig Zentimeter tief ausheben musste, um aufrecht in seiner Wohnung stehen zu können. Die ersten Gottesdienste hielt Lutz unter freiem Himmel, denn das Holzgebäude welches als Kirche diente, war baufällig. === Tätigkeit in Karlshuld ===In seiner bescheidenen und hilfsbereiten Art gelang es dem unermüdlichen Lutz, die Menschen allmählich mit dem [[Evangelium]] vertraut zu machen, sie dafür zu begeistern. Durch seine Predigttätigkeit erreichte er bei vielen der Gemeindemitglieder einen Sinneswandel. Als der Wunsch in seiner Gemeinde laut wurde, Gottes Wort zu Hause nachlesen zu können, schenkte der junge Pfarrer jeder Familie ein Neues Testament. Für seine Pfarre Karlshuld entwickelte er auch sonst ein starkes soziales Engagement. Er entwickelte Beschäftigungsmodelle und organisierte Spendenaktionen und gewann schnell die Herzen der notleidenden Bevölkerung.

=== Probleme mit der Amtskirche ===Lutz, mittlerweile sehr angesehen in seiner Gemeinde und darüber hinaus, bekam ab 1830 Probleme mit der Amtskirche: Lutz mehrfach wegen "mystizistischer Abweichungen" von der Lehre der katholischen Kirche vor das Augsburger Ordinariat geladen. Im Vorfeld hierzu hatte er die Schriften von Martin Boos studiert. Wahre Ursache waren jedoch die Vorfälle, welche sich ab 1828 in seiner Pfarrei ereignet hatten. Ab diesem Zeitraum traten [[Weissagungen ]] durch Gemeindemitglieder vor - und Lutz lies diese nach anfänglichem zögern zu und untersagte diese nicht. Nachdem die Probleme mit dem bischöflichen Ordinariat in Augsburg immer mehr zunahmen, trat er 1831 mit einem Teil seiner Gemeinde (rund 700 Gemeindemitglieder) aus der römisch-katholischen Kirche aus - was für die damalige Zeit einen Skandal darstellte. Einige Quellen behaupten,er hätte daraifhin daraufhin versucht eine apostolische Gemeinde zu gründen - dieser Aussage muss jedoch widersprochen werden, da Lutz erst 1842 mit der katholisch-apostolischen Bewegung in Kontakt kam. Es ist vielmehr davon auszugehen, dass Lutz eine Art "freie Gemeinde" etablieren wollte. Dies wurde von der bayrischen Landesregierung verboten, daher trat er im Februar 1832 zum evangelischen Glauben über. Als er auch in dieser Glaubensgemeinschaft seine Vorstellungen nicht verwirklichen konnte, wurde er nach Ablegung des tridentinischen Glaubensbekenntnisses am 16. November 1832 wieder in die Katholische Kirche aufgenommen. 1834 wurde Lutz dann aus Karlshuld versetzt und Pfarrer in Tafertshofen im Kapitel Oberroth.  === Kontakte mit den katholisch-apostolischen Gemeinden ===1842 machte er dann zum ersten mal Bekanntschaft mit der katholisch-apostolischen Gemeinde. Im Jahr 1843 wurde J.G. Lutz Kammerer und kurze Zeit später Dekan des Kapitels Oberroth. Er scheint nebenher immer wieder Kontakte zur katholisch-apostolischen Gemeinde gehabt zu haben. Nachweislich ist, dass er 1844 Freundschaft mit William Renny Caird geschlossen hatte, der ihm berichtete, dass es in England und Schottand wieder [[Apostel]] gebe, die die Gabe des Heiligen Geistes spendeten. Sehr erstaunt war Lutz, als er hörte, auch in England und Schottland seien Weissagungen mit fast demselben Wortlaut wie in Karlshuld zu hören gewesen.Seine Auseinandersetzungen mit dem Augsburger Ordinariat wurden dadurch wieder stärker. Vor allem, durch seine Freundschaft mit dem katholisch-apostolischen Geistlichen [[William Renny Caird]] wurden seine Konflikte mit der katholischen Amtskirche verstärkt. 1857 reiste Lutz nach England, um die dort bestehenden katholisch-apostolischen Gemeinden zu prüfen. Er erkannte diese Gemeinden als göttlich an und wurde im gleichen Jahr von Apostel [[Henry Drummond|Drummond]] in England [[Versiegelung (Religon)|versiegelt]]. In der Folgezeit wurde Lutz 1857 zusammen mit vier gleichgesinnten katholischen Geistlichen und etwa 50 Laien von der römisch-katholischen Kirche [[Exkommunikation|exkommuniziert]]. Viele von ihnen wurden in Folge der Exkommunikation auch polizeilich bedrängt. Viele von ihnen gingen ins liberalere Württemberg ins Exil. Lutz hingegen fand bis 1869 Exil in der Schweiz, wo er noch 1857 [[Versiegelung (Religion)|versiegelt]] wurde. Ihm folgten etwas zehn römisch-katholische Priester, die auch in die katholisch-apostolischen Gemeinden aufgenommen wurden. In der Schweiz wirkte er in den katholisch-apostolischen Gemeinden Zürich und Bern in verschiedenen [[Ämtern]]. Jedoch erhielten schon 1861 die katholisch-apostolischen Gemeinden durch ein Rescript des bayrischen Königs Maximilian II. die Rechte einer Privatkirchengesellschaft (also einer Gemeinschaft mit Vereinsstatus) für Bayern. 1870 kehrte er als katholisch-apostolischer Evangelist nach Deutschland zurück. Lutz wirkte bis zu seinem Tode hauptsächlich in Baden-Württemberg und Bayern. Auch in Karlshuld entstand eine kleine katholisch-apostolische Gemeinde. Sein letzter Wirkungsort war Nürnberg. Er starb in Esslingen, wo er auch begraben liegt.