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Lutz, mittlerweile sehr angesehen in seiner Gemeinde und darüber hinaus, bekam ab 1830 Probleme mit der Amtskirche: Lutz mehrfach wegen "mystizistischer Abweichungen" von der Lehre der katholischen Kirche vor das Augsburger Ordinariat geladen, gab aber befriedigende Erklärungen ab und wurde nur ermahnt, fortan alles Ungewöhnliche und Aufsehenserregende zu vermeiden, und unter die Aufsicht eines benachbarten Pfarrers gestellt. Im Vorfeld hierzu hatte er die Schriften von Martin Boos studiert. Wahre Ursache waren jedoch die Vorfälle, welche sich ab 1828 in seiner Pfarrei ereignet hatten.

Ab diesem Zeitraum traten [[Weissagungen]] durch Gemeindemitglieder vor - und Lutz lies diese nach anfänglichem zögern zu und untersagte diese nicht. Auch teilte er diese Vorfälle seinem Bischof mit, der ihm auch dazu riet, diese zuzulassen, da man nicht wisse, ob sie nicht wirklich von Gott kommen. Jedoch wurde Lutz Verhältnis zur Amtskirche immer angespannter. Nachdem die Die Probleme mit dem bischöflichen Ordinariat in Augsburg nahmen immer mehr zunahmenzu nachdem er nicht genehmigte, besondere Andachtsstunden, wohl im Zusammenhang mit den Geistesgaben, gehalten hatte) Als er im Oktober 1831 auf eine Pfarrei in der Münchener Diözese versetzt werden sollte, weigerte er sich Karlshuld zu verlassen und trat er 1831 mit einem Großteil seiner Gemeinde (rund 700 Gemeindemitglieder) aus der römisch-katholischen Kirche aus - was für die damalige Zeit einen Skandal darstellte. Einige Quellen behaupten,er hätte daraufhin versucht eine apostolische Gemeinde zu gründen - dieser Aussage muss jedoch widersprochen werden, da Lutz erst 1842 mit der katholisch-apostolischen Bewegung in Kontakt kam. Es ist vielmehr davon auszugehen, dass Lutz eine Art "freie Gemeinde" etablieren wollte. Dies wurde von der bayrischen Landesregierung verboten, daher trat er im Februar 1832 zum evangelischen Glauben über. Als er auch Er hoffte nun in dieser Glaubensgemeinschaft Karlshuld bleiben zu können und weiterhin die Gottesdienste im "altchristlichen" (also eher katholischen) Ritus halten zu können. Auch das protestantische Oberkonsistorium hielt seine Vorstellungen nicht verwirklichen konnteEntfernung aus Karlshuld notwendig und ernannte ihn zum Pfarrverweser in Wassertrudingen. Schon bald sah er sich von der evangelischen Kirche getäuscht und bezeichnete schon ab Juni 1832, dass er seinen Übertritt als eine Übereilung bereue, und bat um Wiederaufnahme in die katholische Kirche. Dieser Bitte wurde entsprochen und er wurde nach Widerruf und Ablegung des tridentinischen Glaubensbekenntnisses am 16. November 1832 wieder in die Katholische Kirche aufgenommen. Er bewog auch den größten Teil seiner mit ihm evangelsich gewordenen Gemeindemitglieder seinem Schritt zu folgen und wieder in die katholische Kirche zurück zu kehren. 1834 wurde Lutz dann aus Karlshuld versetzt und Pfarrer in Tafertshofen im Kapitel Oberroth.