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Unter Cairds Mitwirkung veröffentlichte er 1847 anonym eine Deutung der Bibel im Sinne der katholisch-apostolischen [[Eschatologie]]: „Über den Rathschluß Gottes mit der Menschheit und der Erde“, dann 1848 alleine, aber gleichfalls anonym, die Schriften „Brüfet die Geister, ob sie aus Gott sind" , „Die Hoffnungen der Kirche Christi und des Volkes Israel in der Gegenwart", und schliesslich 1849 „Das prophetische Wort des Herrn und unsere Zeit oder Betrachtungen über Matth. 24 und 25“. Im November 1854 wurde vom Bischöflichen Ordinariat in Augsburg eine Untersuchung gegen Lutz eingeleitet eingeleitet. Lutz legte 1855 das [http://de.wikipedia.org/wiki/Trienter_Glaubensbekenntnis tridentinische Glaubensbekenntnis] ab und erklärte, er verwerfe alles, was in der Schrift „Rathschluß“ den Lehren der katholischen Kirche widerspreche sein möge. Er wurde zunächst vom von der Funktion als Dekan enthoben und die erwähnten vier Schriften verboten (der „Rathschluß“ wurde am 6. Dezember 1855 auch in Rom auf den Index gesetzt). Nach dem Tode des [http://de.wikipedia.org/wiki/Peter_von_Richarz Bischofs Richarz], während der [http://de.wikipedia.org/wiki/Joseph_Franz_von_Allioli Dompropst Allioli] vorläufiger Bistumsverwalter war, wurde Johann Georg Lutz im Februar 1856 verdächtig Anhänger der katholisch-apostolischen Lehren ("Irvingianismus") zu sein und zu einem zeitweiligen Aufenthalt im "Strafhaus" zu Villingen, einer kirchlichen Disziplinareinrichtung, verurteilt. Er wurde aufgefordert, sieben Sätze zu unterschreiben.Er verweigerte jedoch die Unterzeichnung von zwei der sieben Sätze. Da er die Unterzeichnung der Sätze: "Die katholische Kirche ist die allein seligmache Kirche" und "Die angeblichen Apostel der Irvingianer sind entweder Betrüger oder Betrogene", verweigerte, wurde das Verfahren zur Exkommunikation eingeleitet.

[[Datei:Schreiben_Lutz_1857.jpg|thumb|Schreiben Lutz' vom 9. März 1857, einem Tag nach seiner Exkommunikation über das erhaltene Dekret. Hier beglaubigte Kopie des Originals.]]

In der Schweiz wirkte er in den katholisch-apostolischen Gemeinden Zürich und Bern in verschiedenen [[Amt|Ämtern]]. Jedoch erhielten schon 1861 die katholisch-apostolischen Gemeinden durch ein Rescript des bayrischen Königs Maximilian II. die Rechte einer Privatkirchengesellschaft (also einer Gemeinschaft mit Vereinsstatus) für Bayern. 1870 kehrte er als katholisch-apostolischer [[Evangelist]] nach Deutschland zurück. Lutz wirkte bis zu seinem Tode hauptsächlich in Baden-Württemberg und Bayern. Auch in Karlshuld entstand eine kleine katholisch-apostolische Gemeinde. Sein letzter Wirkungsort war Nürnberg. Er starb in Esslingen, wo er auch begraben liegt.