Infolge der Zerwürfnisse in Sachsen während der Entstehung des reformiert-apostolischen Gemeindebundes wurde Friedrich Wilhelm Krause auf Anraten von [[Johann Gottfried Bischoff]] von Stammapostel [[Hermann Niehaus]] Anfang 1921 wieder nach Leipzig zum Neuapostolischen Verlag gerufen. 1923 bezog die Familie Krause wieder eine Wohnung auf dem Kirchengrundstück in Leipzig. Dort übernahm er auch die Herausgabe der "Wächterstimmen aus Zion", bis diese von 1926 an von Frankfurt aus herausgegeben wurden. Beim Neuapostolischen Verlag wurden jedoch noch Formulare und Gesangbücher gedruckt.
Mit knapp 60 Jahren (also 1929/1930) ließ sich Friedrich Wilhelm Krause in den Ruhestand versetzen. Ob dies mit seiner gesundheitlichen Situation zusammenhing oder Wesentlicher Grund für diese (damals ungewöhnlich frühe) Inruhesetzung war der schleichende Abbau des Neuapostolischen Verlags zugunsten der Hausdruckerei in Frankfurt, die Streitigkeiten um den Neuapostolischen später zum [[Verlag eine entscheidende Rolle spielten ist bislang unbekanntFriedrich Bischoff]] wurde.
Im Jahr 1952 konnte das Ehepaar Krause noch Goldene Hochzeit feiern. F.W. Krause verstarb am 18. Dezember 1962.