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Brückner war Autor bei der [[Neuapostolische Rundschau|Neuapostolischen Rundschau]]. Er scheint bei der Krise um Mütschele, Paulus und Müller eine gewisse Rolle gespielt zu haben. Als es dann in den Jahren 1920 und 1921 zu Auseinandersetzungen (u.a. um die Neuapostolische Rundschau) zwischen Stammapostel [[Hermann Niehaus ]] und Bezirksapostel Carl August Brückner kam, stellte sich Robert Brückner jun. entschieden auf die Seite seines Onkels.Brückner gehörte 1921 bei der Gründung des [[Reformiert-Apostolischer Gemeindebund|reformiert-apostolischen Gemeindebundes ]] zu den führenden Köpfen. Auch unterzeichnete er die Petition an Stammapostel Niehaus gegen den Ausschluss seines Bruders aus der Neuapostolischen Gemeinde.

1925 kam es jedoch zu Konflikten zwischen Robert Brückner jun. und der Leitung des RAG: Brückner war Mitglied der Gesangbuchkommission und nahm in dieses Gesangbuch mehr Lieder aus dem den landeskirchlichen Gesangbüchern auf als abgesprochen. Weiter wurden einige Texte "apostolischen Liedguts" von Brückner stark abgeändert.

Anfang der 1930er Jahre eskalierte der Konflikt zwischen Robert Brückner jun. und der Leitung des Gemeindebundes immer stärker. 1932 wurde die [[Reformiert-Apostolische Rundschau ]] in Reformiert-apostolische Botschaft umbenannt. Gleichfalls wurden seine Rechte als Schriftleiter immer weiter eingeschränkt. Zudem scheint Brückner sich immer weiter von der apostolischen Lehre entfernt zu haben: Seine Zweifel an der Heilsbedeutung des Apostelamtes wuchsen, auch schien ihm die Behauptung wahrunwahr, Gott habe 1800 Jahre der Kirche die wichtigsten zum Heile notwendigen Ämter vorenthalten." <ref>Obst, Helmut: Apostel und Propheten der Neuzeit,S. 207 </ref> 1933 trat er aus dem RAG aus, als sich , unter Führung seines Vaters , viele Mitglieder der Gemeinden Leipzig und Netzschkau vom RAG trennte trennten und in die evangelische Landeskirche eintraten.