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Ein bis heute unvergesslicher trauriger Tag in der Gemeindegeschichte war der 5. Mai 1943. 13 Jahre nach der Einweihung wurde das Kirchengebäude bei einem Luftangriff auf Dortmund komplett zerstört. Dabei kamen [[Hermann Dietrich Magney|Bezirksapostel Magney]], sein Sohn Hermann, der Vorsteher und Bezirksälteste Arthur Kraft sowie weitere Angehörige und Gemeindemitglieder ums Leben. Sechs neuapostolische Christen starben im Keller der Kirche, in ganz Dortmund wurden 684 Menschen getötet. Dank guter persönlicher Beziehungen zum Präses der Evangelischen Marienkirche in der Stadtmitte konnte Bezirksevangelist [[Walter Schmidt]] erreichen, dass die neuapostolischen Gemeinde die Kirche mitnutzen konnte. Nachdem die Brüder einige Bombenschäden behoben hatten, konnten sich die neuapostolischen Christen etwa ein Jahr lang in der mittelalterlichen Kirche zu den Gottesdiensten versammeln. Auch Stammapostel Bischoff hielt in dieser Kirche einen Gottesdienst. Am Ende des Zweiten Weltkriegs wurde die Marienkirche teilweise zerstört, vor allem beim schweren Angriff von 6. Oktober 1944. Eine Brandbombe durchschlug das Gewölbe und setzte den Innenraum in Brand.

Im Oktober 1946 begann nach schweren Jahren der Wiederaufbau des zerstörten Kirchengebäudes, der am 12. September 1948 mit dem Einweihungsgottesdienst durch Apostel Walter Schmidt abgeschlossen wurde. Eine Woche später setzt Stammapostel Bischoff in einem Gottesdienst mit 4.500 Teilnehmern den Apostel zum neuen Bezirksapostel für den Apostelbereich Westfalen und entlastet damit Bezirksapostel Peter Kuhlen. Dieser hatte den Bezirk über einige Monate zusätzlich zu seinem Apostelbezirk Rheinland geleitet (siehe dazu auch den Bericht vom 18. August 1948: „Rückblick auf 1948: Ordination in Bielefeld“). Gleichzeitig kehrte auch die Verwaltung an die Braunschweiger Straße zurück.